28 Haziran 1949’da Büyük Doğu Cemiyetini kurdu. Şubat 1950’de cemiyet ilk şubesini Kayseri’de açtı. Büyük Doğu Cemiyetinin Kayseri Şubesinin açılışından İstanbul’a döner dönmez tutuklandı. 1947 yılındaki beraat kararını temyiz bozmuş ve karar işleme konmuştu. 21 Nisan 1950’de yeniden hapse girdi. Demokrat Partinin seçimleri kazanması (14 Mayıs 1950) üzerine çıkarılan af yasasıyla 15 Temmuz 1950’de hapisten çıktı. Aynı yıl Büyük Doğu Cemiyetinin Tavşanlı, Kütahya, Afyon, Soma, Malatya, Diyarbakır şubelerini açtı. Büyük Doğu’nun 54. sayısındaki bir yazısından dolayı tekrar tutuklandı. Hapishaneden çıktıktan sonra 26 Mayıs 1951’de cemiyeti kapattı.

Necip Fazıl Kısakürek, 22 Kasım 1952’de Vatan gazetesinin sahibi Ahmet Emin Yalman’a düzenlenen suikastla ilişkilendirildi. Azmettirici olarak bu davada yargılandı. 11 Aralık 1952’de, Yalman suikastı sebebiyle yayımladığı Müdafaalarım adlı eserinde 1943’ten itibaren başına gelenleri geniş bir biçimde anlattı. 12 Aralık 1952’de başlayan yargı süreci 16 Aralık 1953’te beraatle bitti. 1951, 1952 ve 1956’da Büyük Doğu’yu günlük gazete olarak çıkardı. 1957’de sekiz ay dört gün hapis yattı.

1959’da aleyhine birçok dava açıldı. Açılan davaların aleyhte sonuçlanması durumunda Necip Fazıl’ın yüz bir yıl hapishanede kalması gerekiyordu. Niğde Cezaevine gönderileceği sırada 27 Mayıs 1960 askeri darbesi oldu. Darbenin ilk radyo duyurularından birinde zaten çıkmayan Büyük Doğu’nun kapatıldığı ilân edildi. 6 Haziran 1960 gecesi evinden alınarak dört buçuk ay Balmumcu Garnizonunda tutuldu. Darbe sonrası ilân edilen genel affa rağmen, 5816 sayılı kanun sadece kendisi aleyhine istisna edildiği için, Toptaşı Cezaevine (15.10.1960) nakledildi ve bir buçuk yıl daha hapis yattı. 18 Aralık 1961’de tahliye edildi. Büyük Doğu’nun çıkmadığı sürelerde günlük fıkra ve çeşitli yazılarını Yeni İstiklâl, Son Posta, Babıalide Sabah, Bugün, Millî Gazete, Hergün ve Tercüman gazetelerin-de yayımladı.

Necip Fazıl 1963 yılında konferanslar serisine başlayarak Salihli, İzmir, Erzurum, Van, İzmit, Bursa’da verdiği konferansları 1964 yılında Konya, Adana, Kahramanmaraş ve Tarsus konferansları izledi. 1964 yılında Büyük Doğu’yu on birinci kez çıkarmaya başladı. Bu dönemin ilk sayısında Adnan Menderes için yazdığı Zeybeğin Ölümü başlıklı şiirinden dolayı takibata uğradı. 1965’te Büyük Doğu Fikir Kulübünü kurarak konferanslarına devam etti ve Adıyaman, Kahramanmaraş, Burdur, Gaziantep, Nizip, Kilis, Kayseri, Akhisar, Ankara, Kırıkkale, Eskişehir’de konferanslar verdi. Ankara’da Dil ve Tarih Coğrafya Fakültesinde verdiği konferanstan dolayı, din esasına dayalı cemiyet kurmak suçlamasıyla yargılandı. Büyük Doğu’nun 1965 ve 1967 evrelerinde de birçok defa yargılandı. 1967’de İdeolocya Örgüsü, 1968’de de Vahdettin adlı eserlerinden dolayı yargılandı. Bilirkişi raporu doğrultusunda beraat etmesine rağmen, karar temyizde bozuldu. Teknik olarak bu davadan alacağı ceza 1974 affına uğraması gerekirken, eserin 1976’daki üçüncü baskısından dolayı tekrar takibata uğradı ve bir buçuk yıl hapse mahkûm edildi. 25 Mayıs 1983’te vefat ettiğinde üzerinde çekilmemiş bir buçuk yıllık hapis cezası bulunuyordu.

______________________________