Atatürk ile görüş ayrılığı meselesi şöyledir : 1936'da Faşizmi incelemek üzere İtalya'ya gönderilen CHP Genel Sekreteri (Katib-i Umumi) Recep Peker'in dönüşünde yazdığı TBMM üzerinde bir "Faşist Konsey" kurulmasını öngören raporu onaylayıp imzalaması üzerine Cumhurbaşkanı Atatürk "Başvekil hazretleri anlaşılan yorgunluktan, önüne gelen raporları okumadan imzalıyor!" dedi ve kararı reddetti. Bu değerlendirmeye "Koskoca memleket rakı sofrasından mı idare edilecek?" diye yanıt verince aralarında gerginlik çıktı. Dersim İsyanı'nın bastırılması sırasında da düşünce ayrılıkları çıkınca Eylül 1937'de cumhurbaşkanı tarafından başbakanlık ve CHP'nin genel başkan yardımcılığı görevlerinden alındı.

İnönü, Atatürk devrimlerinin gerçekleştirilmesinde ve Türkiye Cumhuriyeti'nin sağlam temeller üzerine oturtulmasında Atatürk'ün en yakın çalışma arkadaşıydı.

Atatürk'ün ölümünden sonra 11 Kasım 1938 de, Türkiye Büyük Millet Meclisi tarafından Türkiye'nin ikinci Cumhurbaşkanı olarak seçildi. İkinci Dünya Savaşı sırasında Cumhurbaşkanıydı. Cumhurbaşkanlığı'nın yanı sıra CHP Genel Başkanlığı'na da getirildi. CHP'nin 26 Aralık 1938'de toplanan I. Olağanüstü Kurultay'ında partinin "değişmez genel başkan"ı seçildi. Ayrıca kendisine "Milli Şef" sıfatı verildi. Bundan sonra 30 Aralık 1925 tarihli 701 sayılı yasa ve 16 Mart 1926 tarihli 3322 sayılı kararname ile 50, 100, 500 ve 1.000 liralık banknotların ön yüzlerinde cumhurbaşkanının resminin bulunması kararı alınmıştı. Buna dayanarak, para ve pulların üzerindeki Atatürk resimleri kaldırılıp onların yerine yeni Milli Şef'in portreleri kullanıldı.

Cumhurbaşkanı seçilmesinden hemen sonra başlayan II. Dünya Savaşı (1939-1945) döneminde İnönü Türkiye'yi savaştan uzak tutmaya çalıştı. Savaş yıllarındaki ekonomik ve toplumsal sıkıntılar ise, dönemin unutulmayan mirası olarak kaldı.Varlık Vergisi uygulaması hayata geçirildi.Yine bu dönemde Hasan Ali Yücel'in öncülüğündeki Köy Enstitüleri kuruldu. Bu enstitüler kapatılana kadar 20.000 mezun köy öğretmeni verdi. II. Dünya Savaşı'nın hemen ardından, İkinci Dünya Savaşı galiplerinden olan Sovyetler Birliği'nin lideri Stalin'in Türkiye'den Kars, Ardahan, Artvin ve Sarıkamış'ı istemesi, Türkiye'yi, savaşın diğer galipleri Amerika ve İngiltere ile daha yakın ilişkilere mecbur etti. Bu askeri ve ekonomik desteği vermeye hazır olduğunu belirten ABD, Truman Doktrini ile yardıma başlamıştı ama karşılığında Türkiye'de serbest seçimlere dayanan demokrasi düzeninin yerleştirilmesini ve Milli Şeflik, "5 yıllık kalkınma planları" ve Köy Enstitülerileri gibi Sovyet taklidi uygulamaların kaldırılmasını talep etti.

______________________________